A escolha de São Sebastião como padroeiro da nova paróquia de São Sebastião, em 1553 deve-se ao facto deste Santo Mártir ser invocado como protetor da peste, guerra e fome, provações que tantas vezes afetaram a população de Setúbal. Sendo um porto movimentado, era grande a possibilidade de contágio por causa das muitas idas e vindas de barcos e pessoas das mais variadas proveniências.
O culto ao mártir S. Sebastião, um jovem soldado romano, tornou-se muito popular na tradição medieval e nos inícios da Idade Moderna. Estava ligado à procura de proteção contra a peste, que era invocada na liturgia como um dos três principais flagelos que atacavam os homens, a par da fome e da guerra.
Os surtos de peste foram recorrentes em muitas cidades e vilas de Portugal medieval e de toda a Europa. Assim, que graças aos donativos de pescadores e dos devotos setubalenses, por volta de 1490 tenha sido erigida uma Ermida em honra ao mártir S. Sebastião.
Natural da região de Milão, em Itália, Sebastião viajou para Roma e entrou para o exército quando tinha 19 anos. A fama de bom soldado, justo e bondoso rapidamente cresceu, tornando-se comandante do Primeiro Exército Pretoriano e estimado pelos Imperadores Diocleciano e Trácio Maximiano.
Sebastião era Cristão, ajudava e confortava os cristãos que eram perseguidos a mando de Roma. Essa conduta valeu-lhe denuncias ao Imperador Diocleciano que, indignado, irado, sumariamente o julgou e condenou à morte, ordenando a execução através de flechas. Dado como morto, foi atirado a um rio. Mas Deus não abandona os seus servos e Sebastião resistiu, sobreviveu, sendo encontrado por uma viúva (Santa Irene) que cuidou das feridas dele.
Recuperado, Sebastião voltou a apresentar-se ao Imperador Diocleciano, censurando-o e exortando-o a deixar de adorar os falsos deuses. Perplexo por ver Sebastião vivo e com a ousadia dele ordenou de novo aos guardas que o açoitassem até à morte, o que terá ocorrido a 20 de janeiro do ano 288.
Mais tarde, no ano de 680, os restos mortais de Sebastião foram transportados para uma basílica construída pelo Imperador Constantino. Na ocasião, a peste que assolava Roma terá desaparecido, o que fez com que o mártir passasse a ser venerado como protetor da humanidade, contra a peste, a fome e a guerra.
A arte medieval encarregou-se de perpetuar a imagem do Santo mártir através da representação de um jovem atado a um tronco e sendo trespassado por flechas.
A imagem em tamanho natural que se encontra na Igreja de São Sebastião, apresenta o corpo despojado de vestuário apenas com perizonium. Esculpido com grande movimento e naturalismo, apresenta feições suaves e belas. A imagem foi recentemente recuperada e alvo de profundo restauro. A imagem foi recentemente recuperada, após profundo restauro, tendo sido feita a inauguração do Santo restaurado, bem como do novo altar no dia 20 de janeiro de 2019, precisamente Dia de S. Sebastião.
